Sasaran Mutu Universitas ‘Aisyiyah Yogyakarta adalah sebagai berikut :
- Capaian kompetensi nilai-nilai keislaman mahasiswa sesuai dengan faham Muhammadiyah dengan nilai baik minimal 90% per tahun.
- Mahasiswa menyelesaikan studi tepat waktu 98% per tahun.
- Tingkat kelulusan first taker uji kompetensi 97% per periode ujian.
- Lulusan berkarya sesuai kompetensi dengan masa tunggu kurang dari 4 bulan.
- Lulusan yang menjadi entrepreneur minimal 10%.
- Prestasi mahasiswa di tingkat nasional minimal 32 prestasi per tahun.
- Partisipasi mahasiswa di tingkat internasional minimal 16 prestasi per tahun.
- Institusi terakreditasi A oleh BAN PT.
- Program studi terakreditasi A minimal 25%.
10. Program studi terakreditasi internasional minimal 25%.
11. Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang menjadi rujukan pemecahan masalah minimal 3 per tahun.
12. Publikasi karya ilmiah dosen pada jurnal nasional minimal 50 artikel per tahun.
13. Publikasi internasional dosen 75 artikel per tahun.
14. Dosen tetap pendidikan S3 minimal 5%.
15. Dosen tetap mempunyai jabatan lektor minimal 20%.
16. Jumlah penelitian berwawasan kesehatan yang diaplikasikan pada kegiatan pengabdian kepada masyarakat minimal 3 per tahun.
17.Jumlah community development kemitraan dengan Persyarikatan Muhammadiyah/ ’Aisyiyah minimal 1 per tahun.
18. Jumlah kegiatan pengabdian kepada masyarakat untuk pemberdayaan perempuan minimal 3 per tahun.
19. Policy paper tentang pemikiran Islam Berkemajuan minimal 10 per tahun.